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Las acciones de Prevención, Control y Vigilancia que realizan los administradores de las áreas protegidas están articuladas de forma coordinada entre la Autoridad Marítima de Panamá, Servicio Aeronaval, la Autoridad Nacional de Ambiente (ANAM), el Ministerio Público, la Autoridad de Recursos Acuáticos de Panamá y la Dirección de Investigación Judicial (Marviva, 2014).
Esta articulación pretende asegurar que todas las entidades sean garantes del cumplimiento de la normativa.
Isla Coiba posee una zonificación que incluye áreas de uso múltiple: siete zonas de manejo terrestre, dos zonas de manejo marinas y una sub-zona de pesca. Aquí las medidas de control y vigilancia sobre los recursos naturales, geológicos e histórico-culturales serán aplicadas por el personal de la ANAM. La Policía Ecológica acantonada en Isla Coiba brindará el apoyo necesario. (Marviva, 2011)
También se contemplan acciones como un plan anual de patrullajes, ejecutado por funcionarios del Parque y apoyado por el Servicio Nacional Aeronaval de Panamá (SENAN), que buscan garantizar el cumplimiento de las normativas del Parque por parte de los visitantes, la seguridad de la planta física y el personal, y dar trámite a sanciones, decomisos y vigilar el cumplimiento de medidas derivadas del proceso de infracciones (ANAM, 2009).
Uno de los principales aspectos tratados por el Parque es la pesca, Isla Coiba cuenta con zonas donde esta actividad es permitida. Para poder realizarla, se debe ceñir a las zonas, artes y restricciones informadas, además se debe contar con licencia y permisos para la pesca. Las acciones de vigilancia en este sentido, constan de inspecciones basadas en el “Protocolo de Actuación en las Operaciones de Control y Vigilancia” (Maté, 2015).