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El CMAR promueve el aprovechamiento y manejo responsable de los recursos para que las actividades económicas en la región sean sostenibles y sigan brindando beneficios.
Pesquerías de diferentes países comparten el aprovechamiento del CMAR, es por esa razón que resultan necesarias las acciones coordinadas y medidas homologadas entre países, ya que estas permiten desarrollar mecanismos conjuntos de manejo, así como combatir la pesca ilegal, no declarada, no reglamentada y la sobrepesca.
Estos tres factores antes mencionados se encuentran en las mayores amenazas a los recursos pesqueros en el mundo.
En el plan de acción del CMAR 2025-2035, la pesca forma parte del eje de uso sostenible de la diversidad biológica, que fomenta la economía azul, la pesca y el turismo sostenibles, y la gestión del tráfico marítimo.
Asimismo, la pesca sostenible es considerada una actividad clave de manejo en el plan, ya que precisamente una de las amenazas identificadas en el CMAR es la pesca insostenible y la pesca ilegal no declarada y no reglamentada. La pesca no regulada reduce poblaciones clave y daña hábitats como los arrecifes y playas cercanas, afectando el equilibrio ecológico.
Si bien la pesca representa una actividad económica de gran relevancia para los cuatro países miembros del CMAR, su inadecuada gestión y regulación la convierten en una de las principales amenazas para la biodiversidad marina.

En este sentido, el plan de acción reafirma el enfoque del CMAR de promover la coordinación interinstitucional con las autoridades competentes y los sectores pesqueros de cada país, la adopción de prácticas pesqueras sostenibles y el fortalecimiento de los sistemas de monitoreo y gestión de información sobre el estado de los recursos pesqueros, tanto dentro como fuera de las áreas marinas protegidas.
Se pone especial énfasis en las áreas núcleo recientemente incorporadas al corredor, donde se permite la actividad pesquera bajo ciertos lineamientos, así como en sus zonas de conectividad ecológica.
Adicionalmente, se ha integrado la valoración del papel de las áreas protegidas en la conservación de hábitats y procesos ecológicos clave para los ciclos de vida de especies pesqueras, así como su contribución económica a la sostenibilidad de las pesquerías, como parte del componente de biodiversidad, específicamente dentro del subcomponente de valoración económica e integral.
La pesca también representa un tema estratégico como parte de los grupos de trabajo del CMAR y existen sistemas de monitoreo remoto de la pesca y del tránsito marítimo, que se están implementando.
En agosto de 2025, se reunieron en Panamá más de 50 representantes de Ecuador, Costa Rica, Colombia y Panamá en un taller internacional con el objetivo fortalecer la coordinación regional y construir estrategias conjuntas para mejorar la respuesta jurídica y operativa frente a la pesca ilegal, no declarada y no reglamentada, que amenaza la biodiversidad marina y la sostenibilidad de los recursos pesqueros.